Trường Đại học Hoa Lư tiền thân là Trường Trung cấp Sư phạm Hà Nam Ninh - Ninh Bình được chính thức thành lập năm 1959. Ngày 09/4/2007, Thủ tướng Chính phủ ban hành quyết định số 407/QĐ- TTg về việc thành lập Trường Đại học Hoa Lư trên cơ sở nâng cấp từ Trường Cao đẳng Sư phạm Ninh Bình. Cùng với sự ra đời của Nhà trường, tổ chức Công đoàn trong Nhà trường cũng nhanh chóng được thành lập.
Trải qua 60 năm xây dựng và trưởng thành (1959 - 2019), dưới sự chỉ đạo của Công đoàn Viên chức tỉnh Ninh Bình, sự lãnh đạo của Đảng ủy, sự phối hợp chặt chẽ của Ban Giám hiệu, các Phòng Ban chức năng, Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Nhà trường, Công đoàn trường ĐH Hoa Lư đã không ngừng lớn mạnh về mọi mặt. Lớp lớp các thế hệ cán bộ, công đoàn viên của trường đã đoàn kết, thống nhất ý chí, hành động, vượt lên mọi thử thách, hoàn thành mọi nhiệm vụ của Công đoàn cấp trên và Nhà trường giao phó, thực sự trở thành tổ chức rộng lớn của nhà giáo, người lao động toàn trường và là chỗ dựa vững chắc, tin cậy của Đảng ủy, Ban Giám hiệu Nhà trường.
Nhiều cán bộ, công đoàn viên của Nhà trường đã trở thành các cán bộ quản lý giỏi. Những thành tích của Công đoàn đã đóng góp vào thành tựu chung của Nhà trường, góp phần tích cực vào việc hoàn thành nhiệm vụ chính trị, nâng cao chất lượng đào tạo, nghiên cứu khoa học của nhà trường và của địa phương. Với truyền thống lịch sử và thành tích trên các mặt hoạt động, Công đoàn trường Đại học Hoa Lư đã vinh dự nhiều năm liền được Công đoàn Viên chức tỉnh Ninh Bình tặng giấy khen là Công đoàn cơ sở hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ, nhiều đoàn viên công đoàn trường được Liên đoàn Lao động tỉnh, công đoàn Viên chức tỉnh tặng giấy khen.